システムテストも運用テストもプロジェクトの最終工程に近い位置づけですが、内容としてはかなり異なるテスト内容となります。両テストとも実際に運用に使うハードウエアを利用しますが、ネットワークで接続する場合には速度面で異なることがあるので速度を遅らせる装置を間に入れてチェックすることもあります。システムテストでは仕様書通りに製品化できているかがチェックされます。機能面、速度面、エラー発生時の対応などがチェックされますが、チェック担当者はシステム開発に携わってきた人間が行うことが多く、知らず知らずのうちにエラーをおこなさないように操作をしていることがあり、問題となります。
そのため、テスト仕様書ではエラーを起こすことでどう対処されるかもチェック項目となっています。また、結合テストとは同じデータを使わず、まったく別のデータでテストを行うことが多いです。対して運用テストではテストを行う人員は実際にシステムを利用する人間です。オペレータからサーバ管理者まで実際の人員がマニュアルを見ながらチェックをしていきます。
マニュアルでは想定される動きをまとめていますが、人員によっては想定外の動きをすることも多く、運用テスト時にはおもわぬエラーや仕様書にはない動きが必要になることもあります。そのため、開発サイド、利用サイド双方からテストをチェックする人員も配置されていざというときの対応方法についてすぐに検討できる対応が取られることが多いです
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